El Programa de doctorado en Bioquímica es un programa académico consolidado que ha formado a más de 140 doctores que se desempeñan en el ámbito académico, empresas públicas y privadas nacionales y extranjeras, contribuyendo significativamente al quehacer científico en el área de las ciencias de la Bioquímica. Este programa está orientado a estudiantes interesados en comprender el funcionamiento de los sistemas biológicos a nivel molecular.
Durante el primer año, se ofrece un plan de estudio semiflexible para que los estudiantes puedan especializarse en tópicos específicos de acuerdo con sus intereses personales de investigación. Se dispone de cursos que entregan herramientas actualizadas para abordar temas tales como señalización celular, biología molecular, bioinformática aplicada a estudios genómicos y transcriptómicos, bioinformática de macromoléculas, como así mismo, la biofísica y función de proteínas.
El programa lo conforman destacados investigadores que trabajan en 38 laboratorios y centros de investigación FONDAP y Milenio en donde los estudiantes pueden optar a realizar sus tesis. Dentro de las áreas de investigación disponible se destacan, Estructura de proteínas, Estrés celular, Bioenergética, Metabolismo Celular, Bioquímica del sistema nervioso y Fisiología Molecular. Además, se investigan los procesos bioquímicos subyacentes al sistema inmune, los mecanismos de transducción de señales y las bases moleculares de diversas patologías, así como también la interacción entre genes y el análisis de secuencias mediante Genómica Funcional, Biología Molecular y Bioinformática, incluyendo la Bioquímica Bacteriana y Viral.